UN PEU D'HISTOIRE
Le club est fondé le 1er juillet 1961. Le premier match officiel s'est déroulé le 27 août de la même année contre le FC Compesières, partie remportée par le FC Perly-Certoux sur le score de 1 à 0.
La première édition de la journée "Gigot" a vu le jour en 1962 et deviendra, au fil des années, une manifestation phare et familiale du club.
Le mouvement juniors voit le jour lors de la saison 1963-1964.
Dans les années 70, les juniors B sont promus en Interrégionaux (1974-1975) et la première équipe est promue en 2è ligue au terme de la saison 1975-1976.
En 1978, inscription d'une équipe seniors qui fêtera la promotion en premier degré dès la première année.
Saison 1981-1982, la première équipe est entraînée par Michel Pont qui occupe ce poste pour la première fois avant sa carrière internationale.
En 1986, la première équipe est malheureusement reléguée en 3ème ligue alors que les seniors sont champions genevois et qualifiés pour la coupe de Suisse.
Promotion et remontée de la 1ère équipe en 2ème ligue en 1990, finaliste de la coupe genevoise.
Au début des années 1990, le club se compose de 11 équipes (3 actifs, 2 seniors, 6 juniors et l'école de football).
En 1992, le club signe avec le FC Plan-les-Ouates, pour les juniors C, la première convention juniors interclubs de Genève.
La première décennie du 21è siècle (saison 2005-2006) voit la première équipe accéder à la 2è ligue interrégionale (catégorie qu'elle a quitté à la fin de la saison 2017/2018) et être vainqueur de la coupe genevoise.
En automne 2005, victoire sur le FC Étoile-Carouge au premier tour de la coupe de Suisse. Au 2ème tour, élimination contre le FC Thoune de Lustrinelli (engagé en ligue des champions à ce moment-là) par 7 buts à 1, mais devant 3700 personnes au stade de Perly-Certoux pour un souvenir inoubliable.
En 2012, groupement avec le FC Compesières pour les juniors A, B et C.
Les seniors champions remportent 2 fois la coupe de Suisse (en 2014 et 2015), et, lors de la saison 2014-2015, réussissent l'exploit du triplé championnat - coupe genevoise - coupe de suisse.
En 2019, Les seniors champions 30+ remportent la coupe de Suisse pour la 3ème fois ainsi que le championnat genevois. Les seniors 40+ remportent également le championnat genevois.
Cette même année, la première équipe remporte la coupe genevoise.
En 2020, le groupement avec le FC Compesières prend fin.
Le 26 juin 2021, les seniors 40+ remporte la Coupe Suisse contre Rapperswil-Jona au stade de la Maladière.